La Compagnia dei Battuti di Varzi e l'Arciconfraternita del Gonfalone di Roma, nel 1636 decisero di costruire un loro oratorio altrove, in quanto non potevano più risiedere nei locali affittati presso la Chiesa dell'Annunziata (che era ubicata in fondo a via Porta Sottana) perché invasi periodicamente dalle piene del torrente Stàffora.

Per questo motivo, nel settembre del 1636 chiesero al duca Sforza, feudatario di Varzi, la concessione di costruire un oratorio all'interno del borgo e, più precisamente, in via di Dentro, dove il duca possedeva una "camera" che gli rendeva "3 staia di formento all'anno".

I confratelli, oltre alla predetta camera, avrebbero occupato anche la sede di un altro locale di proprietà di Pietro Antonio Malaspina, il quale pagava al duca (in gabelle) "mezzo cupello di formento all'anno".

Il duca, vagliata la richiesta, oltre a concedere gratuitamente la propria camera, condonò alla Confraternita anche l'obbligo che aveva l'altra costruzione del Malaspina.

Fu da quel momento che iniziò la realizzazione di quell'oratorio, con base a croce greca, tanto caratteristico da non aver eguali nell'area dell'Appennino settentrionale. L'opera sarebbe stata ultimata 10 anni dopo, nel 1646, come da iscrizione tuttora ben visibile sul portale della facciata.
Ma chi erano questi confratelli e che origine avevano?

Con il nome di battuti (o disciplinati, disciplinanti, flagellanti, frustrati, cappucciati) si definisce l'insieme di membri appartenenti a confraternite laiche che, tra il XIII e il XV secolo, si flagellavano in pubbliche processioni, recitando preghiere e cantando inni religiosi, in segno di penitenza e di espiazione, talvolta anche per impetrare grazia contro le pestilenze e le guerre.

Nel fervore mistico del medioevo, la pratica della flagellazione penitenziale, prima ristretta nei conventi, si diffuse tra il popolo a partire dall'Umbria per poi espandersi in altre regioni dell'Italia centrale e settentrionale, donde si propagò in Francia e in Germania.

Poiché in quel movimento affiorava anche qualche motivo politico, taluni stati come Milano, Venezia, Cremona e la Sicilia, lo vietarono sul loro territorio tanto che, alla fine, anche la Chiesa lo riprovò per i suoi eccessi e per l'insorgere in esso di qualche tendenza ereticale.

A questo tipo di confraternite appartenevano, appunto, anche gli adepti di Varzi, i quali, almeno inizialmente, ebbero sede  fuori dalla cinta muraria (in fondo a via Porta Sottana).
Considerando l'evolversi dei costumi, è credibile che nel XVII sec., pur mantenendo concettualmente l'originale estrazione, i nostri discepoli non praticassero già più l'espiazione corporale dei peccati (almeno pubblicamente) visto il deciso divieto della Chiesa. Tuttavia, vagliando l'attitudine intrinseca del loro credo, è facile supporre che alcuni non avessero abbandonato le antiche tradizioni continuando, in maniera celata, a praticare dolorose penitenze attraverso l'uso di dissimili metodi di supplizio.