Questa chiesa dedicata a San Germano e costruita sul luogo dell'antica pieve fu iniziata tra la fine del 1100 e l'inizio del 1200, in stile romanico, e fu interrotta alla linea dei pilastri quadrati interni per essere, poi, completata all'inizio del 1300 con la parte anteriore.

La facciata, in cotto nella zona superiore e a fasce di pietra locale, chiara e scura, nella zona inferiore, è ornata di uno snello portale strombato a colonnine e decorato da due ante fisse a bassorilievi simbolici. Il pregevole affresco nella lunetta è del periodo barocco.

La chiesa fu per quattro secoli parrocchia di Varzi e Pieve dell'alta Valle Stàffora, e cioè fino al 1594 quando fu inaugurata l'attuale Chiesa Parrocchiale.

Lasciata nell'abbandono e nel deperimento, riprese vita nel 1623 quando si stabilirono per la prima volta i Cappuccini a Varzi. Essi vi edificarono a fianco il convento, incorporandovi la vecchia canonica esistente, e sistemarono la copertura diroccata della chiesa con criterio tipicamente barocco, costruendo un pesante voltone sotto le capriate a vista e sostituendo le finestrine monofore strombate con finestroni rettangolari.

Per centottant'anni l'attività monastica dei Cappuccini si svolse serenamente in una vita di preghiera, di apostolato e carità, soprattutto durante varie pestilenze.

Ma nel 1802 Napoleone soppresse convento e chiesa che furono venduti all'asta e poi affittati ai contadini. Questi abitarono il convento e adibirono la chiesa sconsacrata a fienile, legnaia, deposito di carri agricoli, rifugio per girovaghi ecc… Per facilitarne l'accesso e l'uso, la colmarono di terra fino al livello del piazzale e così rimase per cento anni.